PickinPixels fonctionne sur un système de canevas basé sur des tuiles où chaque pixel fonctionne comme une unité dessinable indépendante avec des données de couleur RVB et une transparence du canal alpha. L'éditeur prend en charge des dimensions de canevas de 8x8 jusqu'à 256x256 pixels, avec une superposition de grille en temps réel qui s'adapte aux niveaux de zoom entre 100 % et 3200 %.
L'architecture des calques implémente l'édition non destructive grâce à un pipeline de rendu basé sur une pile. Chaque calque maintient son propre tampon de pixels, son mode de fusion et sa valeur d'opacité. Le système traite la composition des calques de bas en haut lors de l'exportation, en appliquant des calculs de fusion alpha en temps réel. Les utilisateurs peuvent basculer la visibilité des calques, verrouiller l'édition et ajuster l'ordre d'empilement via l'interface du panneau de calques dédiée.
La fonctionnalité d'animation repose sur le séquençage d'images avec des taux de lecture réglables de 1 à 60 images par seconde. Chaque image fait référence à un état de canevas complet incluant tous les calques actifs. La fonction d'oignon pelure superpose les images précédentes et suivantes à 30 % d'opacité pour faciliter la continuité du mouvement. Les options d'exportation incluent le GIF animé avec contrôle du nombre de boucles et la génération de feuilles de sprites PNG avec espacement personnalisable entre les images.