PickinPixels opera su un sistema di canvas basato su tile dove ogni pixel funziona come un'unità disegnabile indipendente con dati colore RGB e trasparenza del canale alfa. L'editor supporta dimensioni del canvas da 8x8 fino a 256x256 pixel, con sovrapposizione della griglia in tempo reale che si adatta ai livelli di zoom tra il 100% e il 3200%.
L'architettura dei livelli implementa l'editing non distruttivo attraverso una pipeline di rendering basata su stack. Ogni livello mantiene il proprio buffer di pixel, modalità di fusione e valore di opacità. Il sistema elabora la composizione dei livelli dal basso verso l'alto durante l'esportazione, applicando calcoli di fusione alfa in tempo reale. Gli utenti possono attivare/disattivare la visibilità del livello, bloccare la modifica e regolare l'ordine di impilamento attraverso l'interfaccia del pannello livelli dedicato.
La funzionalità di animazione si basa sul sequenziamento dei frame con velocità di riproduzione regolabili da 1 a 60 fotogrammi al secondo. Ogni frame fa riferimento a uno stato completo del canvas inclusi tutti i livelli attivi. La funzione onion skinning sovrappone i frame precedenti e successivi con opacità del 30% per assistere con la continuità del movimento. Le opzioni di esportazione includono GIF animate con controllo del conteggio dei loop e generazione di sprite sheet PNG con spaziatura dei frame personalizzabile.